Vergilər Nazirliyinin strukturu dəyişib. Novator.az-ın məlumatına görə, prezident İlham Əliyevin 24 iyul sərəncamı ilə struktur belə müəyyənləşib:
Vergilər Nazirliyinin Aparatı (baş idarələr, idarələr, şöbələr və bölmələr);
Milli Gəlirlər Baş İdarəsi;
Vergi Cinayətlərinin İbtidai Araşdırılması Baş İdarəsi;
İdxal-İxrac Əməliyyatları üzrə Nəzarət Baş İdarəsi;
Aksizli və Markalanmalı Malların Dövriyyəsinə Nəzarət Baş İdarəsi;
Bakı Şəhər Lokal Gəlirlər Baş İdarəsi;
Bakı Şəhər Kiçik Sahibkarlıqla İş üzrə Baş İdarə;
Çağrı Mərkəzi (baş idarə səlahiyyətli);
yerli bölmələr (baş idarələr, idarələr və şöbələr).