1988-1993-cü illər ərzində Ermənistanın hərbi təcavüzü nəticəsində Azərbaycan Respublikasının 20 faiz, yəni 1.7 milyon hektar ərazisi işğal olunub.
Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyinin məlumatına görə, işğal olunmuş ərazilərdə 460 növdən çox yabanı ağac və kol bitkiləri bitir. Bunlardan 70-i endemik növ olub, dünyanın heç bir yerində təbii halda bitmir. Qaraçöhrə, ayıfındığı, Araz palıdı, yalanqoz, şərq çinarı, adi nar, meşə üzümü, pirkal, şümşad, Eldar şamı, adi xurma, söyüdyarpaq armud və s. növ ağaclar erməni vandalları tərəfindən məhv edilərək dünya florasının xəzinəsindən silinmək üzrədir.
Eyni zamanda, bu ərazilərdə “Azərbaycan Respublikasının Qırmızı Kitabı”na daxil edilmiş məməlilərin 4, quşların 8, balıqların 1, amfibiya və reptililərin 3, həşəratların 8, bitkilərin isə 27 növü qorunurdu.
Həyata keçirilən tədbirlər nəticəsində xüsusi mühafizə olunan təbiət ərazilərinin sahəsi hazırda 890 min hektara çatdırılıb ki, bunun da 42997 hektarı erməni işğalçılarının tapdağı altındadır.
Bəsitçay Dövlət Təbiət Qoruğu, Arazboyu Dövlət Təbiət Yasaqlığı, Qaragöl Dövlət Təbiət Qoruğu, Laçın rayon Dövlət Təbiət Yasaqlığı, Qubadlı rayon Dövlət Təbiət Yasaqlığı və Daşaltı Dövlət Təbiət Yasaqlığının ərazisində olan qiymətli ağac və biomüxtəlifliyin digər növləri bu gün də talan edilir.
İşğal olunmuş rayonlarda, o cümlədən 13197.5 hektarı qiymətli olmaqla 247352 hektar meşə sahəsi, 152 ədəd təbiət abidəsi və 5 geoloji obyekt qalıb. Hazırda həmin torpaqlarda məskunlaşmış ermənilər böyük əhəmiyyətə malik olan bu təbiət abidələrinin əksəriyyətini məhv ediblər.
Kəlbəcər rayonunda “Qırmızı Kitab”a daxil edilmiş 968 hektar ərazini əhatə edən ayıfındığı ağacları da kütləvi şəkildə qırılaraq xaricə satılır. Rayon ərazisində 4 mindən artıq müxtəlif növ bitki var. Bunlardan 200-ə qədəri dərman bitkiləri olmaqla kütləvi şəkildə talan olunaraq xaricə daşınır. Bu isə bitkilərin həmin ərazilərdə kökünün kəsilməsinə səbəb olur.
Şuşa şəhərindən cənubda, dəniz səviyyəsindən 1365 metr hündürlükdə yerləşən, Titon yaşlı əhəng daşlarından ibarət uzunluğu 114 metr olan “Xan Mağarası” mühafizə olunurdu. Ayrı-ayrı mənbələrdən alınan məlumatlara görə, həmin abidə amansızlıqla məhv edilir və digər məqsədlər üçün istifadə olunur.
Azərbaycanın işğal olunmuş ərazilərində ekoloji əhəmiyyətə malik bir çox göllər güclü antropogen təsirə məruz qalır. Bu ərazilərdə irili-xırdalı 7 relikt göl – Kəlbəcər və Laçın rayonlarının yaylaqlarında Böyük Alagöl, Kiçik Alagöl, Zalxagöl, Qaragöl, Canlıgöl, İşıqlı Qaragöl və Ağdərə rayon ərazisində (Tərtərin qolu olan Torağaçayda) Qaragöl kimi şirin su ehtiyatları bu gün işğal altındadır. Göllərın içərisində ən çox antropogen təsirə məruz qalanı Azərbaycanın Laçın rayonu ilə Ermənistanın Gorus rayonu arasında yerləşən İşıqlı Qaragöldür. Uzunluğu 1950 metr, maksimal eni 1250 metr, maksimal dərinliyi 7-8 metr, suyunun həcmi isə 10 milyon kubmetr olan İşıqlı Qaragölün şəffaflığı 4.6 metrdir. Gölün ətrafında ermənilərin məskunlaşması və suyundan suvarma məqsədi ilə istifadə olunması gölün suyunun qurumasına və çirklənməsinə səbəb olur.
Sərsəng su anbarı 1976-cı ildə Tərtər çayı üzərində inşa edilib, ümumi tutumu 560 milyon kubmetr, bəndinin hündürlüyü 125 metrdir. İşğaldan əvvəl 7.9 min hektar əkin sahəsi su anbarı vasitəsilə suvarılırdı. Lakin uzun müddət texniki qurğulara xidmət göstərilmədiyindən qəza vəziyyətində olan anbardan aşağıda yaşayan rayonun 400 min nəfər sakini təhlükə altında yaşayır. Bundan əlavə, yayda illik su normasının 10-15 faizinin buraxılması əkin sahələrinin suvarılmasında problemlər və ciddi ekoloji gərginlik yaradır. Hazırda 7 rayon Sərsəng su anbarının suyundan istifadə edə bilmir.
Ən zəngin faydalı qazıntı yataqları ölkənin işğal olunmuş ərazilərində qalıb. Məlum olduğu kimi həmin ərazilərdə 155 müxtəlif növ faydalı qazıntı yataqları, o cümlədən: 5 qızıl, 6 civə, 2 mis, 1 qurğuşun və sink, 19 üzlük daşı, 10 mişar daşı, 4 sement xammalı, 13 müxtəlif növ tikinti daşları, 1 soda istehsalı üçün xammal, 21 pemza və vulkan külü, 10 gil, 9 qum-çınqıl, 5 tikinti qumu, 9 gips, anhidrid və gəc, 1perlit, 1obsidian, 3 vermikulit, 14 əlvan və bəzək daşları (əqiq, yəşəm, oniks, cad, pefritoid və s.), 11 şirin yeraltı su və 10 mineral su yataqları yerləşir ki, bu da respublikanın iqtisadi potensialında mühüm əhəmiyyət kəsb edirdi.
Həmin yataqlarda sənaye ehtiyatları təsdiq edilmiş 132.6 ton qızıl, 37.3 min ton qurğuşun, 189 milyon kubmetr mişar daşı, 1 milyon 526 min ton gəc, 1 milyon 968 min kubmetr/gün yeraltı şirin su, 18 milyon 432 min kubmetr üzlük daşı, 23 milyon 243 min kubmetr gil, 57 milyon 965 min ton tikinti daşı, 7805 kubmetr gün mineral sular, 96 milyon 987 min ton qum-çınqıl, 1898.4 ton civə, 4 milyon 473 min kubmetr perlit, 2 milyon 144 min kubmetr pemza, 129 milyon 833 min kubmetr soda istehsalı üçün əhəngdaşı, 147 milyon 108 min ton sement xammalı və s. iqtisadiyyatın inkişafında vacib əhəmiyyət daşıyan faydalı qazıntılar aşkar edilib.
İşğal olunmuş ərazilərdən keçən təbii su mənbələrimiz də Ermənistan tərəfindən həddindən artıq çirklənməyə məruz qalır. Araz və Kür çaylarının qolları olan Oxçuçay və Ağstafaçayın Ermənistan tərəfindən ən ağır dərəcədə çirkləndirilməsi nəticəsində sözügedən çaylarda canlı aləmin yaşayışı üçün böyük təhlükə yaranıb.
Erməni işğalçıları tərəfindən təmas xəttində yerləşən Ağdam, Füzuli, Cəbrayıl, Tərtər və Xocavənd rayonlarının əraziləri düşünülmüş şəkildə od vurularaq yandırılıb. Yanğınlar ətraf mühitə və canlı təbiətə çox ciddi ziyan vurub. Azərbaycanın işğal olunmuş ərazilərində Ermənistan ordusunun əsgərləri tərəfindən qəsdən törədilmiş yanğınlar nəticəsində 96 min hektar otlaq, biçənək və yaşıllıqlar, həmçinin meşə sahələri yanaraq məhv olmuş, torpağın üst münbit qatı yararsız hala düşüb. Yanğınlar zamanı ətraf mühitə 176 milyon manat məbləğində ziyan dəyib.
Ermənilərin ölkəmizə vurduğu ekoloji ziyanın miqdarı təxmini hesablamalara əsasən 31.72 milyard manatdır.
İşğal olunmuş ərazilərdə ermənilərin canlı təbiətə və bəşəriyyətə qarşı yönəlmiş əməlləri barədə Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyi tərəfindən bir sıra beynəlxalq təşkilatlara rəsmi müraciətlər edilib, bu istiqamətdə təxirəsalınmaz tədbirlərin görülməsinin zəruriliyi onların diqqətinə çatdırılıb.